Бакинский Зоологический Парк функционировал в 1928 году как небольшой уголок в бывшем Луначарском, ныне парке Низами города Баку. 2 января 1942 года на базе этого живого уголка был создан Зоологический парк.

До 1980-х годов Зоопарк действовал на площади 1 га в посёлке Баил. С 1982 года введена в эксплуатацию площадь 2,25 га. В целях обеспечения дальнейшего развития Зоологического парка в 2001 году площадь Зоологического парка была увеличена на 2 га и в настоящее время составляет 4,25 га.

Начиная с 1995 года в Бакинском Зоологический Парк было поселено 60 видов и за последние годы в парке произошло много нововведений. За это время в Зоологический парк были завезены карликовый олень (мунтжак), кенгуру, зебу, пятнистый олень, альпака, лама, амурский тигр, леопард, ягуар, длиннохвостые обезьяны, фламинго, японский журавль, венценосный журавль, султанки, фазаны, различные экзотические птицы нильские крокодилы, питоны, анаконды и игуаны. Созданы вольеры подходящие для образа жизни животных, террариумы для рептилий и 30 больших аквариумов для рыб, обитающих в тропических странах.

Согласно закону Азербайджанской Республики, Бакинский Зоопарк включён в список «Особо охраняемых природных территорий и объектов».

С 1995 года Бакинский Зоологический Парк является членом Евразиатской региональной ассоциации зоопарков и аквариумов.

В 2017 году в Бакинском Зоологическом Парке были начаты капитальные ремонтные работы, а 7 октября 2021 года зоопарк был открыт для посетителей.

7 октября 2021 года состоялась церемония открытия Бакинского Зоологического Парка, вновь распахнувшего свои двери для посетителей после ремонтно-строительных работ.

В ходе мероприятия было проведено ознакомление с условиями, созданными в новом Бакинском Зоологическом Парке, и нынешним состоянием животных, перемещенных в новые дома на старом месте.

В результате капитальной реконструкции, длившейся около 4-х лет, для резидентов Зоологического парка были построены более комфортабельные вольеры, бассейны, а также акватеррариум, контактный зоопарк, искусственные озера, ветеринарная клиника. Вольеры, в которых содержатся животные, спроектированы с учётом уникальных потребностей каждого вида, а их площадь достаточно расширена.

Комплекс Зоологического парка стал более комфортным и интересным местом для посетителей, его общая площадь увеличилась почти вдвое и составила 4,25 га.

Следует отметить, что при проведении работ по реконструкции особое внимание уделялось полному сохранению существующих на участке деревьев и кустарников. В целом, в Зоологическом парке создана более естественная среда, которая была благоустроена, а площадь озеленения увеличена до 6700 м2, что сыграет важную роль в обеспечении как благополучия животных, так и приятного посещения гостей.

Помимо других нововведений и различных развлекательных заведений, на территории созданы детская площадка, лекторий и система электронного гида. Зоологический парк стал местом, где каждый, в том числе люди с ограниченными физическими возможностями, посетители всех возрастных групп могут отдохнуть.

Необходимо подчеркнуть, что Бакинский Зоологический Парк обновлён не только по своему внешнему виду, но и по своей цели и подходу. Основная цель Зоологического парка - стать учебным, исследовательским и природоохранным центром, где люди могут получить информацию о животном мире, особенно о редкой фауне Азербайджана. В связи с этим, созданы благоприятные условия для размножения животных и их реинтродукции, в плане увеличения природных популяций видов, занесённых в Красную книгу Азербайджана.

При этом, принимая во внимание важность благополучия животных и охраны дикой природы, новые животные в Зоологический парк не завозятся, а в некоторых случаях на территории Зоологического парка могут найти приют только незаконно содержащиеся или спасенные дикие животные.

В настоящее время 125 видов животных, 22 из которых занесены в Красную книгу Азербайджана, нашли своё место в Бакинском Зоологическом Парке в условиях, максимально приближённых к их естественной среде обитания.  Амурский тигр, африканский лев, леопард, ягуар, зебра, бизон, бурый медведь, пятнистый олень, благородный олень, альпака, лама, кенгуру, гривистый баран, волк, лиса, различные виды обезьян и другие млекопитающие, о которых заботятся в Бакинском Зоологическом Парке. Также, нашли приют различные виды водоплавающих птиц (фламинго, пеликан, виды уток и лебедей), хищные птицы (беркут, белоголовый сип, черный гриф, орлан-белохвост, филин), экзотические птицы (ара, какаду, жако, розелла, амазонский попугай), фазаны, павлины, султанки, японский журавль. Из рептилий комфортные условия созданы для змей, крокодилов, игуан, рыб и для черепах.